ศาลจังหวัดแม่ฮ่องสอน จัดตั้งขึ้นใน ร.ศ.129 (พ.ศ.2453) ทั้งนี้เพราะเพิ่งจะมีการก่อตั้งเมืองแม่ฮ่องสอนขึ้นในปี พ.ศ. 2453 ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว            ศาลเมืองแม่ฮ่องสอน เป็นชื่อเดิมของศาลจังหวัดแม่ฮ่องสอน เริ่มเปิดทำการอาคารศาลหลังแรกตั้งแต่ วันที่ 10 ธันวาคม 2453 ต่อมาได้มีประกาศ กระทรวงมหาดไทย ลงวันที่ 19 พฤษกาคม 2459 ให้เปลี่ยนคำว่า เมือง เป็น จังหวัด ให้เรียกผู้ว่าราชการเมือง เป็น ผู้ว่าราชการจังหวัด กระทรวงยุติธรรม จึงประกาศลงวันที่ 15 มิกุนายน 2459 ให้เปลี่ยนคำว่า ศาลเมือง เป็น ศาลจังหวัด ศาลเมืองแม่ฮ่องสอน จึงเปลี่ยนเป็นศาลจังหวัดแม่ฮ่องสอน นับแต่นั้นมาศาลจังหวัดแม่ฮ่องสอน ดำเนินการก่อตั้งโดย หลวงดำรงราษฎรประเพณี ข้าหลวงพิเศษ และอธิบดีผู้พิพากษามณทลพายัพ ลักษณะเป็นเรือนไม้สัก เกือบทั้งหลังชั้นเดียว หลังคามุง ด้วยใบตองตึง (ใบของต้นพลวง) สร้างเสร็จแล้ว เมื่อวันที่ 8 ธันวาคม พศ. 2494 และเปิดดำเนินการ ตั้งแต่วันที่ 10 ธันวาคม 2453 จนกระทั้งปี พ.ศ.2494 ศาลจังหวัดแม่ฮ่องสอนได้รับงบประมาณสร้างที่ทำการศาลใหม่เริ่มก่อสร้างตั้งแต่เดือนธันวามคม พ.ส. 2494 ลักษณะเป็น ตึกก่ออิฐชั้นเดียว ขนาด 1 บัลลังก์ ห้องผู้พิพากษากับห้องธุรการอยู่คนละปีกของตึก และสามารกเปิดทำการได้ เมื่อวันที่ 8 มกราคม 2498 เป็นต้นมา โดยที่อาคารที่ทำการศาลจังหวัดแม่ฮ่องสอน ซึ่งก่อสร้างมาตั้งแต่ปี พ.ศ.2494 ดังกล่าว มีสภาพชำรุดทรุดโทรมและคับแคบ ไม่สามารกซ่อมแชมหรือขยายตัวอาคารได้ เป็นเหตุให้ประชาชนผู้มีอรรถคดีที่เกี่ยวข้องไม่ได้รับความสะดวกด้วยประการทั้งปวง กระทรวงยุติธรรมจึงดำเนินการของบประมาณจากรัฐบาล เพื่อก่อสร้างอาคารที่ทำการศาลจังหวัดแม่ฮ่องสอนหลังใหม่ขึ้น ตั้งอยู่บริเวณตรงกันข้ามกับศาลากลางจังหวัดแม่ฮ่องสอน ถนนขุนลุมประพาส ตำบลจองคำ อำเภอเมืองแม่ฮ่องสอน จังหวัดแม่ฮ่องสอน บริเวณศูนย์ราชการจังหวัดแม่ฮ่องสอน ต่อมาจึงย้ายที่ทำการศาลจากอาคารหลังเดิมมาเปิดทำการ ณ อาคารศาลหลังใหม่ เมื่อวันที่ 7 สิงหาคม 2535 เป็นต้นมาจนถึงปัจจุบันอาคารศาลจังหวัดแม่ฮ่องสอนหลังใหม่เป็นอาคารคอนกรีตเสริมเหล็กทรงไทยสูง 2 ชั้น ชั้นที่ 1 ประกอบด้วย ห้องผู้อำนวยการฯ ห้องเจ้าหน้าที่ธุรการ ห้องเก็บสำนวน และห้องประชุม ชั้นที่ 2 ประกอบด้วยห้องพิจารณาคดี 5 ห้อง ห้องพักผู้พิพากษา ห้องสืบพยานเด็ก ห้องสมุด ด้านหลังอาคารมีโรงอาหารและศาลาที่พักประชาชน โรงจอดรถส่าหรับผู้พิพากษา และเจ้าหน้าที่ธุรการ มีบ้านพักผู้พิพากษาหัวหน้าศาล 1 หลัง บ้านผู้พิพากษา 5 หลัง บ้านพักผู้อำนวยการ 1 หลัง และอาคารแฟลตข้าราชการ 22 ห้อง